民國39年成立「新社國校磯崎分班」，計2班，教師2人。
民國43年9月增為3班，教師3人。
民國46年9月增為4班，改制為「新社國校磯崎分校」。
民國47年9月獨立為「磯崎國民學校」，派彭蘊琴為首任校長。陳金木初任教師。
民國51年增為5班，秦青山接任校長。
民國57年9月實施九年國教，改名為「磯崎國民小學」。
民國58年增為6班，教職員計9人。
民國60年9月4日秦校長調港口國小，陳金生接任。
民國93年9月4日陳校長調水璉國小，教導主任胡煥煙兼代校長。
民國63年11月27日派王盛運接任校長。
民國69年9月減為5班，王校長調卓樂國小，由石光宗接任。
民國74年9月石校長調溪口國小，吳家瓊接任。
民國79年2月吳校長調豐濱國小，陳永昌接任。
民國79年8月1日減為4.5班，改為「新社國民小學磯崎分校」，由新社國小校長古月恆接任，楊源誠為分校主任。
民國80年8月吳莉娟任分校主任。
民國81年8月吳莉娟接新社教導，高振興為分校主任。
民國82年古校長調景美國小，彭乃隔接任。新社國小學校類型改「偏勇」，磯崎分校為「勇」類。
民國83年8月高主任調秀林國小，陳金木代理分校主任。
民國84年8月1日恢復獨立設校，吳金順出任校長。學校類型改為「偏勇」。9月22日新印信啟用。
民國88年8月吳金順校長調水璉國小，張貴隆接任校長。
民國89年7月裁撤，併入新社國小。
